Attualmente al CNEL, in regime di prorogatio, sono istituite 2 commissioni:
- la Commissione istruttoria unica
- la Commissione speciale dell'informazione, prevista e disciplinata dagli articoli 16 e 17 della legge 936/86.
La commissione e' preposta alla raccolta, alla organizzazione ed alla elaborazione delle informazioni in materia di mercato del lavoro, andamenti retributivi e contrattazione collettiva; impartisce le direttive per l'istituzione dell'Archivio nazionale dei Contratti e della Banca Dati sul Mercato del Lavoro (art. 17). E' presieduta dal Presidente del CNEL o, su delega, da un consigliere scelto tra i 10 consiglieri esperti ed è composta da 15 consiglieri.
Nella prima parte della IX Consiliatura (luglio 2010 - dicembre 2011) sono state istituite 6 commissioni: per la Politica Economica e per la Competitività del Sistema Produttivo (I), per le Politiche del Lavoro e dei Settori Produttivi (II), dell'Informazione (III), per le Reti Infrastrutturali, i Trasporti, le Politiche Energetiche e l'Ambiente (IV), per le Politiche Sociali (V), per le Politiche Europee e Internazionali (VI).
Nella seconda parte della IX Consiliatura (20 gennaio 2012 - 27 luglio 2015) in seguito all'entrata in vigore della nuova normativa e delle modifiche alla composizione del CNEL, sono state istituite 4 commissioni istruttorie: